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根據發酵過程泡沫的消長規律，對PMI泡沫的控制可以采用兩種途徑：一種是減少泡沫形成的機會，通過調整培養基的成分，如少加或緩加易起泡的培養基成分、改變某些培養條件，如ph、溫度、通氣量、攪拌速率或改變發酵工藝來控制。
機械消泡的優點是不用在發酵液中引入外源物質，節省原材料，減少染菌機會，且不會增加下游提取工藝的負擔。但PMI泡沫效果往往不如消泡劑消泡迅速、可靠，需要一定的設備和消耗一定的動力，其缺點是不能從根本上去除泡沫的形成，因此常作為消泡的輔助方法使用。
機械消泡是一種物理消泡的方法，借助機械強烈振動或壓力變化起到破碎氣泡、去除泡沫的作用。消泡裝置可安裝在罐內或罐外。罐內可在攪拌軸上方安裝消泡槳，泡沫借旋風離心場作用被壓碎，也可將少量消泡劑加到消泡轉子上以增強消泡效果。罐外法是將泡沫引出罐外，通過噴嘴的加速作用或離心力破碎泡沫后，液體再返回發酵罐內。
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